История школы начинается с сентября 1970 года: открытие Муниципального бюджетного общеобразовательного учреждения Карачаевского городского округа «Средняя школа пос. Мара — Аягъы». Тип учреждения – общеобразовательное учреждение, вид Учреждения – средняя общеобразовательная школа. Изучаемые предметы: русский язык, чтение, письмо (каллиграфия), чистописание, арифметика. В 1970 году было построено кирпичное здание по улице Калинина, 2.
В десяти классах обучалось в одну смену 195 человек.
В 1957 году на родительском собрании решено в поселке открыть семилетку и 1 сентября 23 ученика первого класса сели за парты. Летом 1957 года началось строительство пристроя к купеческому дому Окулова по улице Центральной, 20. Со 2 сентября 1961 года школа стала восьмилетней. Учились в трёх зданиях, поэтому в 1974 году был проведен капитальный ремонт старого здания, и получено разрешение на проектирование и строительство пристроя к школе. 1 сентября 1986 года пристрой был пущен, дети получили просторные кабинеты и новую мебель.
В связи с реформами в народном образовании в 1989 году школа стала девятилетней.
В настоящее время МБОУ КГО «СШ пос. Мара — Аягъы» является средней общеобразовательной школой. На протяжении всех лет в школе работали талантливые педагоги, которые старались дать детям глубокие, прочные знания по всем предметам. Более 1000 выпускников школы продолжили образование и нашли свое призвание.
Школа всегда была и остается культурным центром поселка Мара — Аягъы. Учителя проводили политинформации, читали лекции и доклады для жителей поселка, готовили и проводили поселковые праздники.
Трудовое воспитание является ведущим направлением в деятельности школы. Ученики работают на пришкольном участке.
Школа занимается расширением кругозора учащихся, путешествуя по стране и родному краю.
Меняется время, но остается главное предназначение школы – давать знания учащимся, открывать им дорогу в жизнь.